也許正由於明末曹洞宗的圓澄不堅決強調印可傳承的重要性，在臨濟宗南嶽之下二十六世的費隱通容（西元一五九三～一六六一年）所撰《五燈嚴統》凡例中，否定了他的法統(註二〇)。問題當然不是這樣簡單，容在後面詳論。

從明末禪者們所留下的作述看來，臨濟宗的諸人，比較保守陳規，曹洞宗的諸人及法嗣不詳的諸尊宿，則比較能著重實際情況的效用適應。對於禪宗弊端的自我檢討，對修行工夫重視鍛鍊的方法，也以此曹洞宗下及諸尊宿較為積極。至於臨濟下的漢月法藏（西元一五七三～一六三五年），雖屬臨濟宗南嶽之下三十五世密雲圓悟（西元一五六六～一六四二年）的法嗣，因他乃以自力參破，而得悟透，見解便比較獨立，作《五宗原》一書暢論其說，但卻引發了密雲圓悟的反對，編述了《闢妄救略說》一書(註二一)。漢月法藏的法孫，晦山戒顯（西元一六一〇～一六七二年）承其遺風，撰有《禪門鍛鍊說》一書，傳於世。此種敢於自我檢討並重視修證方法的風氣，也可算是明末禪宗的一大特色。

此外，明末的禪者之中，既有不少勇於檢討、重視實際、思想獨立的人物，他們在自修及勸人修行的觀念上，也有活用的方便，雖皆以禪悟的目標為指歸，也不排拒念佛、持咒等的雜行。