僧侶佛教也顯得非常活躍。

明末的居士，以他們的社會地位而言，大多數屬於士大夫階級，以讀書而為官吏，乃是當時唯一的最好出路。由於他們是為考試官吏的資格而讀政府指定的儒書，所以他們的思想背景，是站在儒家的立場，甚至有人受了朱熹（西元一一三〇～一二〇〇年，宋朝的儒家大學者）學說的影響，原來是反對佛教的。信佛之後的居士們，大多仍出入於儒、釋、道三教之間，往往以儒家的孔、孟言論來解釋或說明佛教的經典。有人把學問分成二門，一為經世的，一為出世的，儒為經世之學，佛為出世之學(註二)。另外有些居士，以儒者的基礎，學長生不死的仙術，再轉而學佛(註三)。因此，明末居士的思想，富有儒釋道三教同源論的色彩，是無法否認的事實。此在當時極負盛名的幾位佛教僧侶的著述中，也可看到同樣的傾向(註四)。

以地理的分布言，明末的文化中心，隨著政治勢力的消長而向南方遷移，明末的名居士，大多出生於黃河以南尤其是長江以南，北方的居士甚少(註五)。當時的儒家學術的中心也在這個區域。特別是王陽明（西元一四七二～一五二八年）學派的活動，給佛教的影響很大。中國的儒家學者，不論是激進派如朱熹之徒，或溫和派如王陽明，在基本觀念上，都是不贊成佛教的。但是王陽明的思想，