5寶地房證真（平安之末─鐮倉初期）之考察
證真大概是西元一千二百年頃的人物，關於他的生死年月，尚無定說，生地亦不詳。據說他閱《大藏經》，先後達十六遍，乃是比叡山的一位大學者（註四七）。他所著的天臺《三大部私記》，皆為其後日本天臺學者視為研修的指南，故從享保（西元一七一六～一七三六年）以來，證真已被山家（叡山）學者，尊稱為中古之哲匠。對於本書的是否出於南嶽的真偽問題，在日本的天臺家學者之中，即是證真的《三大部私記》，首開發難的端緒。主要者有如下的兩端：
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在《玄義私記》卷五（註四八），有這樣的一段問答：
「問：《大乘止觀》云：一念創始發修之時，無明住地即分滅也（註四九），故所起智慧，分分增明，故得果時無明滅也（註五〇）。彼文意云，通惑斷時，別惑亦斷，但相微難知，而實斷也。」
「答：或指伏名斷。又彼文恐非南嶽所出，文勢不似大師筆故，義勢不似餘部故。及《景德傳燈錄》二十七「南嶽傳」中(（中略）)不云《大乘止觀》也。」
「問：若爾，何故和漢諸師，皆云大師所出？」
「答：未知所由。」
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又在《摩訶止觀私記》卷八（註五一），也有如下的一段文字：「彼文未必同今宗義，一者法性生一切法，今家判屬別教自生句也。二云由一心故，大小相入，此同仁王私記所引他義。三云大菩薩留煩惱。四者南嶽諸傳，不舉此文。五者文藝不似餘部故。六者本題下注云曇遷撰，或本云遙惻撰。故未必定南嶽說，然山王院法華論記等，並云南嶽也。」
此外，引用本書者，尚有三處（註五二），雖未論及真偽問題，卻在引文之前，加上了「《大乘止觀，未知彼宗意」的說明。
6日蓮（西元一二二二～一二八二年）之引述
鐮倉中期的日蓮，由其全書之中，發現了他曾兩度引用本書，他雖未作任何批評，但其對於《大乘止觀釋》（恐係指的《宗圓記》）以及遵式為本書所作序文的引用，在本書的流傳史上，也是不可忽視的事。現在將其分別抄錄如下：
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《當體義鈔》（註五三）中說：「但真如妙理，有染淨二法，云事證文雖多之。《華嚴》云，心佛及眾生，是三無差別文，與《法華經》諸法實相文，不可過也。南嶽大師云，心體具足染淨二法，而無異相，一味平等云云。又明鏡譬真實一二也。委如《大乘止觀釋》。」
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《顯佛未來記》（註五四）中說：「漢土《大藏經》中，小乘經一向無之，大乘經多分失之，自日本寂照等少少渡之，雖然無傳持人，猶如木石，帶持衣缽。故遵式云，始自兩傳，猶月之生，今復自東返，猶日之昇等云云。」
日蓮的漢文文章，很不易讀，今讀其第二例，更知他抱有極濃厚的民族情感。
7貞舜（西元一三三四～一四二二年）的記述
在貞舜所著的《七帖見聞》卷一中，標著「大乘止觀南嶽御釋歟事」之下，有如次的一段記述：「《大乘止觀》南嶽御釋歟事？答：或日記云，大華嚴寺曇法師述云云。既依《起信論》，而彼論時代隋前後，非南嶽所覽。又《傳燈錄》舉南嶽釋中，不出《大乘止觀》。又了然法師《宗圓記》，南嶽釋有《無諍三昧》，恐是《大乘止觀》歟云云。而《大乘止觀》、《無諍三昧》共，日本有之，非同本云云。但《大乘止觀．序》，南嶽釋云云。又三河入道寂照，入唐歸朝時，《大乘止觀》隨身，南嶽釋披露可尋之也。」（註五五）
這是繼證真的《三大部私記》之後，日本學者之第二人，對於本書之真偽，產生懷疑者。當然，貞舜的此一考察，乃是相當粗率的。例如寂照來華，當我宋世，宜稱「入宋」，他卻說成了「入唐」。
8其他
除了以上所述的重要資料之外，和本書有關的日本記述，尚有好多。