（二）慧思真撰說的論定
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如前述貞舜的《七帖見聞》，以及其他的資料（註七），以《起信論》的譯出年代作考察，來否定本書之為南嶽慧思的撰述，根據論者的反駁（註八），已將此一觀點推翻。
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《歷代三寶紀》卷一一之太清四年（西元五五〇年）說。
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《開元釋教錄》第六的承聖二年（西元五五三年）說。
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揚州僧智愷的《起信論序》之承聖三年（西元五五四年）說。
在此三說之中，最遲的一種為梁之承聖三年。南嶽慧思於北齊天保六年（西元五五五年），入光州之大蘇山，可見尚在他入大蘇山前之一年，乃至四年，《起信論》已被譯成了漢文。縱然以承聖三年為準，距離南嶽入寂的陳宣帝太建九年（西元五七七年），尚有二十三年或二十四年。所以，如說由於真諦與南嶽同時，便無法見到真諦所譯的《起信論》，在年代上的推論是站不住腳的了（註九）。
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寶地房證真的《三大部私記》所指出的疑竇，共有六點，加以概括，則不出如下的四點：(1)與天臺宗的宗義不符合；(2)在南嶽的各種傳記中，未見列舉本書之題名；(3)本書的文勢與南嶽的其餘各書不相類似；(4)在所傳的資料中，或謂本書是曇遷所撰，或稱是遙惻撰，事實上當然也有說是南嶽撰的。因此，證真本人，也只是疑而不決罷了！但這四點，可以包括前述的諸難。
現在，且對這四點的疑難，逐條批判如下：
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所謂與天臺宗的宗義不符合，便懷疑本書之非南嶽所作，這是一種倒果為因的推論法，不合邏輯的原則。須知，天臺宗的創始者，不是南嶽，而是南嶽的弟子天臺智顗，南嶽的思想之一部分，固被智顗所承受，並將南嶽視為天臺思想的主要源流。但是，南嶽慧思撰述本書，當在他的晚年，也就是在智顗於大蘇山親近慧思而已由大蘇山去了金陵之後，述南嶽始撰本書，比起《諸法無諍三昧法門》的撰作年代，本書之撰成，要遲一些。可是，從智顗雖未從南嶽親承本書的思想，在智顗的思想中，承受本書的理念之處卻有很多，此且留到後面第三及第四章中，詳作研討。
我們怎麼知道本書是南嶽的晚年作品？因在章安所寫的《智者大師別傳》之中，曾說到南嶽慧思授智者大師以「四安樂行」，這是智顗在大蘇山親近南嶽之際。又在南嶽的《法華經安樂行義》之中，說到了如《隨自意三昧》中說（註一〇），可見《隨自意三昧》的撰作時間，要早於《法華經安樂行義》，《法華經安樂行義》則在智顗參於大蘇山的時代完成；另一篇《立誓願文》，也是始於大蘇山時期。至於《諸法無諍三昧法門》二卷，撰作的確實年代不詳，諸種南嶽傳記之中，卻多有列舉其題名者，在南嶽自己的其他諸作中，則未自舉其名，故有類於《大乘止觀》，但其用三昧之名為題，又類於《隨自意三昧》。以此推想，此文早於《大乘止觀》而遲於《法華經安樂行義》。再看《大乘止觀》的文字組織及思想體系，比起前述各種，均要整然而嚴密得多，加之在智顗的述作之中，也未見到此書之名。因而相信，乃係出於南嶽晚年的傑作了。
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因在南嶽諸傳記中，多未列舉本書之名，故而懷疑本書之非出於南嶽所作，這也未必能夠視為確論。我們從現存於藏經中的《大乘止觀》，標為「曲授心要」看來，可知本書不是撰述之作，而是一種口傳的或口述的作品，在唐之道宣時代（西元五九六～六六七年），可能尚未成為一部書的型態，故在道宣寫作《續高僧傳》（成於貞觀十九年，西元六四五年）及《大唐內典錄》（成於麟德元年，西元六六四年）之際，或者雖已成書，而尚流傳不廣，以致被道宣律師之所漏列。灌頂章安大師（西元五六一～六三二年）是天臺三大部的功臣，他的時代與道宣相當而略早，在他所整理出來天臺三大部中，未曾標示出本書之名，也就不足為奇了。
本書之在唐代，未能廣被流行的另一重要原因，可能在於玄奘憎惡舊譯經典所致。因為本書的成立年代，是在真諦譯出《起信論》及《攝大乘論》之後，又在玄奘自印度回國之前，本書之中，引用《起信論》與假借《攝大乘論》之處甚多，可是，一到玄奘回國（貞觀十九年）之後，即令教界「不許講舊所翻經」（註一一）。由此推想，本書是在《起信論》譯出而已流行之後，在玄奘回國之前的階段中，可能已由成立而被流傳，但到貞觀十九年後，由於玄奘的請求，不許再講舊所翻經，《起信論》及《攝大乘論》，正好屬於舊翻之列，以此舊翻之論書為基礎的中國著作如本書者，也可能受到了流通的禁止，道宣的《續高僧傳》正好也是完成於玄奘回國之年，《大唐內典錄》則更在其後十九年始成。
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本書的文勢與南嶽其餘各書不相類似，這也是事實，和《隨自意三昧》、《法華經安樂行義》、《諸法無諍三昧法門》等比照之下，本書確實不同。因為前者是站在龍樹實相論系統的立場，後者則為站在馬鳴緣起論系統的立場。然而，我們不妨作更進一步的研討，由於慧思著作之殘留於世者，為數不多，可能尚有若干部書的思想系統，和實相論相違而與緣起論相應者。因為實相論系統的印度著述，譯成漢文的時代較早，所以慧思的早期或前半期思想，是沿著北齊慧文的路線在走。當他後半期生命歷程中，因由真諦三藏譯出了《起信論》及《攝大乘論》和《攝大乘論釋》，便使他接觸到了新思想的啟示。前半期的他是依據《般若經》而有《隨自意三昧》及《諸法無諍三昧法門》兩種三昧的撰述；後半期則依據《起信論》及《華嚴經》而有本書之述說，以《起信論》為骨架而開示了一心三觀的止觀法門。由其前後所依經論之不同，義理及其文勢，自亦不能無異了。
再就上述不同的思想，加以考察，我們應當從認識論的觀點上推論。在佛教中的認識論，一般地說，可分成二種：一是凡夫的認識，二是佛陀的認識。我們凡夫乃至菩薩的認識，是相對的，是可因了環境及所受的教育和努力與否，而有改變的，因其尚未透得絕對的價值理念，所以是相對的；唯有佛陀，已經實證諸法實相，故為絕對的認識。南嶽大師之尚未成佛，乃是無可置疑的，因其自稱：「吾一生望入銅輪，以領徒太早，損己益他，但居鐵輪耳。」（註一二）故其前後思想系統之變遷，不足為異；況其基本之力行思想未變，由禪定三昧而進入止觀法門，說法不同，實際則是一樣東西。
同時，在佛教史上，一師的撰述而有義勢之互異者，亦不乏先例。比如印度的馬鳴，他為闡揚大乘之真如緣起論而著有《起信論》，又以《無我義經》論述了空無相的思想。再看龍樹的撰述，他以《十二門論》等宣說消極的實相論，又以《大智度論》等宣說積極的實相論（註一三）；他以《中觀論》、《十二門論》、《七十空性論》為主，來「破小揚大」，又以《迴諍論》、《六十頌如理論》、《廣破經廣破論》為主，來論破外道；他以《大智度論》來高揚般若性空的思想，又在《十住毘婆沙論》之中，鼓吹了他力的淨土思想（註一四）。另看世親的撰述，他被稱為千部論主，然卻分別站於大乘及小乘的兩種立場，在大乘方面，又分別為《法華經》、《般若經》、《華嚴經》、《涅槃經》、《維摩經》、《阿彌陀經》等經作註釋，尤其著力於阿梨耶識思想和如來藏思想，所以他的撰述，極為複雜（註一五）。因此，到了世親的四大弟子，便各傳一系了：安慧（西元四七〇～五五〇年）傳其毘曇學；陳那（西元四〇〇～四八〇年）傳其唯識及因明；德光傳其小乘有部之律學；解脫軍（Aryavimuktisena）傳其般若學（註一六）。
我們以馬鳴、龍樹、世親之撰述態度，來比論南嶽慧思的思想之前後異趣，則很容易相信《大乘止觀》是出於南嶽的真傳了。
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由於有些資料中，曾說到曇遷撰述《大乘止觀》，遂有以為現存的本書為曇遷的作品（註一七）。但這同樣也是問題，因在《續高僧傳》卷一八的「曇遷傳」中（註一八），亦未見其列出《大乘止觀》之書名。
既然有此傳說，不妨把與本書真偽問題有重大關聯的真諦、慧思、曇遷等三人的住世年代，對照列表如次：
真諦三藏：西元四九九～五六九年
南嶽慧思：西元五一五～五七七年
曇遷法師：西元五四二～六〇七年
從日本方面對於本書傳流史的考察，謂是出於曇遷者，綜合起來則有如下的六起：
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《奈良朝古文書》「天平勝寶三年五月廿五日」條下（註一九）說：「遷禪師述」。
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圓超（西元？─九一四年）撰《華嚴宗章疏并因明錄》（註二〇）中說到：「《大乘止觀》一卷，曇遷述」。
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永超（西元？─一〇九四年）撰《東域傳燈目錄》卷下中說到：「《大乘止觀》一卷曇遷撰，未詳真偽。」（註二一）
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珍海（西元？─一一五二年）撰《三論玄疏文義要》卷五（註二二）中說到：「有《大乘止觀》兩軸，是南嶽思禪師作，又有本題下云曇遷法師制。」
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證真的《止觀私記》卷八中有說到：「或本題下注云曇遷撰。」
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舜貞（西元一三三四～一四二二年）的《七帖見聞》一本七〇頁右云：「或日記云，大華嚴寺曇法師述云云。」
若從這六起資料的年代上考察，此種述的根由，始於《奈良朝古文書》，此下諸人，不過是以訛傳訛而已。至於最早之人，怎會將本書誤傳成為曇遷所撰的呢？那亦並非全無原因，因為南嶽的寂年，僅比真諦的寂年晚了八年，在一般人的想像中，南嶽接受真諦的譯作而發為自己的論書者，比較沒有可能（實則並非不可能，已如前述），何況在南嶽傳記中，也未提及他與《起信論》和《攝大乘論》的關係。再說「曇遷傳」中，雖亦未曾列出本書之名，但其思想路線，頗與本書的立場類似，比如本書引用的《華嚴經》、《起信論》、《楞伽經》，尤其是《攝大乘論》，乃是曇遷於北地專門弘揚的大法，此在他的傳記中，有著明白的記載（註二三）；同時，當曇遷於二十一歲（西元五六二年）出家之時，《起信論》已被譯出了九年以上。根據這一判斷或猜想，便將本書誤傳為出於曇遷之手了。實則一書而於兩地被傳為兩師所出者，也不乏其他的例子，比如《瑜伽師地論》，在漢譯是彌勒造的，在藏譯則謂為無著造的，誰是誰非，頗難論斷。
不過，我是主張本書出於南嶽的真撰，但卻未必是由南嶽親筆寫成，已如前述，是屬於口述的論書，故與他親筆所寫的東西，在文字上也有出入。我們知道，天臺智者，固有其親撰的作品，他的主要的天臺三大部，卻是由他口述而為其弟子灌頂寫成的，故我相信，《大乘止觀》不是南嶽親撰，只是由其口述口傳，到他的弟子，甚或是再傳弟子之時，始被寫成。因在慧思禪師的三種傳記之中，均說到「口授」的事：
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《續高僧傳》卷一七：「凡所著作，口授成章，無所刪改。」（註二四）
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《景德傳燈錄》卷二七：「凡有著述，皆口授，無所刪改。」（註二五）
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《佛祖統紀》卷六：「所著述，多口授，門人筆成章句。」（註二六）
因此，除了南嶽本人的思想有前後期之分，在他弟子筆錄的文字方面，也可因了人的不同而有不同，縱為一人筆錄，也可能有青年時代與晚年時代的不同（註二七）。《續高僧傳》與《景德傳燈錄》，均謂「無所刪改」，諒係指的文章義理，一如佛陀說法，也是口授成章，後經弟子結集，便成經典。又如孔子的《論語》，亦係口授成章，而為門人記錄成篇者。如要說成記錄後的文字與口授時的口語之間，一字不易者，是不可能的。當然，我僅作論斷，尚無法也不必作為本書真偽的最後定論。