由於他有了這種深厚的宗教經驗之後，便展開了他在此後的行化工作，且能經得起屢次三番的打擊與阻撓。

例如，在東魏武定六年（西元五四八年），慧思禪師三十四歲那一年，在河南的兗州，因與大眾議論，而為惡比丘所毒，垂死而復活。這是他所遭遇的第一次法難。從此之後的慧思禪師，幾乎終其一生，經常是處於接受迫害的環境之下。又如到了北齊天保四年（西元五五三年），慧思禪師三十九歲之時，在郢州地方，受到惡眾的毒殺，他有三位弟子，即因此而死，師亦負了重傷（註八）。再到天保七年（西元五五六年），禪師四十二歲之際，於光州城西的觀邑寺，重講摩訶衍義之時，受到惡論師的惱亂（註九）。第二年，禪師四十三歲，為南定州的刺史，講摩訶衍義，又遭到惡論師們的惡心惱亂，施以種種惡毒手段，斷絕檀越的飲食供養，經歷五十日間，唯遣弟子化得，以濟身命（註一〇）。

對於一位行道的沙門，為了自己的悲願而受到如此種種的酷毒的迫害，在當時的諸禪師中，恐怕是僅其一人而已，即在整個的中國佛教史上，像這樣的實例，也不是尋常之事。

那麼，慧思禪師，他為什麼會經常處於被迫害的狀態之下的呢？這是一個重要的問題。僅從慧思禪師的傳記資料中看，對此並無明確的敍述，不過可以確定一點，那就是他的發自悟境的言論，與一般人所持的思想觀念和生活方式，