固然能為真正的佛法開出新的氣象，卻為當時的流俗比丘之所不容。像這樣的比丘，可說歷代都有，他們也懂佛理，並且能夠聚眾講授，如不是遇到傑出的善知識出世，他們的確也是能為佛教撐持門面的師匠，可惜他們有學問而無行持，更無實證工夫，所以滿心仍是人我利害的觀念，一旦遇到和他們的私利衝突的境界出現時，他們便無法把握自己，便會以嫉妒或怨毒之心，加害於人，甚至以間諜的罪名，來誣栽於人，置人於死地而始甘心！
可見，慧思禪師之屢遭迫害，主因當在於知見的、或思想的、或風格的不同於流俗的比丘及論師們，但也夾雜著名聞利養的感情問題在內（註一四）。大善知識雖無爭取名聞利養之意，但必實至而名歸；又所謂樹大招風，名大招妒，釋尊在世，尚所不免，何況慧思禪師？因此他也毫無怨尤，並且以為那是他自己宿業所感。這種光明美善的心地，正好說明了他的人格和他的立場，的確是與佛法完全相應的。
由蒙受迫害而使慧思禪師產生的另一思想的反映，便是「佛法將滅」的末法觀念的強調。此有如下的數種資料可作根據！
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《續高僧傳》卷一七：「然我佛法，不久應滅。」（註一五）
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《立誓願文》之中則稱：「我慧思即是末法八十二年，太歲在乙未，十一月十一日，於大魏國南豫州汝陽郡武津縣生。」（註一六）
像這種末法思想以及進入了末法時期的警覺，並且為之宣揚者，在中國的南北朝時代，特別是在慧思以前的中國佛教史上，幾乎是未嘗發現的事。因此，慧思之在中國佛教的思想史上，也可稱作末法觀的先驅者了。又因為《立誓願文》作於慧思禪師四十四歲之際，正好是在他遭受了現有文字可考的最後一次法難的第二年。由此可見，他的對於末法時期的警覺，的確是從屢次受同道迫害的體驗之中感受出來的。
佛法將滅，但他仍為佛法的存留於人間而作最大的努力。就在撰作《立誓願文》的同一年，他也造了金字《法華經》及金字《大品般若經》。例如在《立誓願文》中作了如下的敍述：「我於彼時，起大悲心，念眾惡論師，即發誓願，作如是言：誓造金字《摩訶般若》及諸大乘王瑠璃寶函，奉盛經卷。」（註一七）
又於《續高僧傳》卷一七，有謂：「又以道俗福施，造金字《般若》二十七卷，金字《法華》，琉璃寶函，莊嚴炫曜。」（註一八）
這所謂「金字」《般若》及「金字」《法華》，一般是指以金泥所寫之經典，故比其他以墨書寫的經典寶貴得多，通常被視為稀世之寶，故其被流傳於後世的可能，要比墨寫的經典大得多。慧思禪師的護持佛法之心，堪稱良苦！