史家通稱教父哲學為組織教理的時代;煩瑣哲學為證明教義的時代。從其過程演化上說,自第九世紀至十五世紀的六百年間,煩瑣哲學可分作四期:
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準備期:此為第九至十一世紀間,著名的學者有給爾貝(Gerbert)、貝倫伽(Berengerius)、朗布蘭克(Lanbranc)等。
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發展期:此為第十二世紀,有名的學者有安瑟倫(Ansehlm 西元一〇三三~一一〇九年)、倫巴(Lombard)、洛色林(Roscellinus 西元?~一一二二年)等。安瑟倫倡導實在論(Realism Medieval),謂宇宙本來實在,即離去吾人觀念,萬有依然存在。洛色林倡導唯名論(Nominalism),主張宇宙萬象,生自吾人之心,吾人認識神的創造成果,所以神亦不是抽象的。
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鼎盛期:此為第十三世紀,此期之盛,多係受了阿拉伯學者的影響,中古東方的回教國家及西班牙的回教朝廷,累世獎勵學術,他們的學者,多譯亞里斯多德之著作,並加以訓註,應用亞氏思想組成宗教哲學。當這些書籍傳到西歐,被基督教學者得到後,竟是他們正要找求來作為替神學辯護的利器。於是,教會學者相率捨去柏拉圖而宗亞里斯多德了。在此期間,最有名的神學家則有大亞勒伯圖(Albertus Magnus)及其弟子阿奎那多瑪與鄧斯各脫斯(Duns Scotus),其門下各成宗派,稱為多瑪派及斯各脫斯派。此二人被稱為「半唯實論的逍遙主義」(Semi-Realistic Peripateticism)。
多瑪於西元一二六一年著有一部《神學總論》(Summa Theologiae),天主教至今仍把它作為神學課本。多瑪以為宇宙實體分作二類:一為實在的實體,二是抽象或消極意義的實體。實在的實體又分為二:一是單純的、常德的,此即是神;二是形式與質料相合而成的,此即是萬物。神為形式的形式,故無生滅;神為真理,故神常存。亞里斯多德所謂的潛在之與實在,多瑪即比作自然之與神恩,常人之與教徒,國家之與教會,帝王之與教皇,哲學之與神學的二分法了。這些二分法中,前者只是手段,後者才是目的。多瑪以為上帝雖不被動,但祈禱還是有用,這真令人覺得莫名其妙!上帝既不被動,向他祈禱又有何用?多瑪以為靈魂並不是以人的精液而傳遞,而是在各人各各為上帝重造出來的,這也使人難懂難解,譬如一個人不是由正式婚姻關係而生的,似乎要使上帝來做通姦的助手了!如果靈魂不是傳遞的而是重造的,它怎麼又會承襲亞當所犯的罪呢?上帝為何又要不斷地造出新的靈魂來使之受罪呢?
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衰頹期:此為第十四、十五世紀,衰頹之因有三:1.威廉.屋肯(William Occam 西元一〇七〇~一一二一年)的絕對實在論抬頭。屋肯以為物之本身,終不可認識,所認識者僅其名目。故宗教之信仰不能以理性認識之。因而,合理的神學,不可能成立。哲學與神學、信仰與知識、國家與教會,應該分作兩回事來討論。於是學問獨立,研究自由,損壞了神學。2.神祕主義(Mysticism)的興起。這種主義重情感而斥究理,此在教會中由來已久,到十四、十五世紀又分正統派及自由派。正統派雖重視神祕經驗,但尚不敢公然背離教會的宗義;自由派則已不理教會的宗義,全憑自己胸臆的宗教經驗,標新立異,並捨拉丁文而改用各國國語著作。此對煩瑣哲學之衰,影響很大。3.研究自然哲學的風氣漸開。教會神學是經不起用自然哲學來衡量的,可是十三世紀中的羅哲.培根(Roger Bacon)開其端,以為人知有三種:一是從權威(如上帝有權威)出者,二是由推理(演繹)出者,三是實證得者。此乃是一切觀察的最後斷案。由培根而繼起的學者不絕,同時,阿拉伯學者在自然科學、哲學方面的成就,也使歐洲學者促起其研究自然的興趣,雖有教會的迫害壓制,也如弦上之箭,已不得不發了。
近世的基督教
經院哲學的末期,正統的神學衰落,自由思想抬頭,神祕主義興起。於是,在世學方面有西歐的文藝復興(Renaissance),而產生與天主教之神國希望相悖的人道主義(Humanism);在宗教方面有反對羅馬教會的宗教改革,而產生了復元教。復元教被天主教貶稱為裂教或誓反教,