作為一般人的參考有用，可是疑點非常多（註三）。因此促成智旭撰寫一系列有關菩薩戒的著作和註解。

從智旭的五種有關菩薩戒的著述之中，可以看到其中最重要的是《梵網經玄義》（略稱《玄義》）和《合註》；從架構上看，是模仿天臺智顗的《義疏》。智顗以釋名、出體、料簡等三重玄義說明他對於《梵網經》在佛教中的地位和作用的看法，同時以簡明扼要的方式疏解其下卷菩薩戒的部分。雲棲祩宏的《發隱》雖然增加了很多經論內容，甚至有與戒律不相干的資料，還是遵循著天臺智顗的模式和範圍。到了澫益智旭，由於他對前人的著述不滿足，尤其沒有《梵網經》上卷的著述流通（註四），所以發心撰寫了《玄義》和《合註》。

《玄義》的方式是根據天臺家的釋名、顯體、明宗、辨用、教相之「五重玄義」的模式而撰成。《合註》是打破以往兩書的慣例，而從《梵網經》的第一卷起頭下註。

此外，智旭《梵網經》的方式和古人也有所不同，那就是只有大科，沒有細目，只有段落的分條，沒有重重的分科；非但不支離破碎，而且一氣呵成，他雖也引用經律，可是讀來仍有行雲流水之感。據他自己在緣起文中提起，當他撰寫《玄義》和《合註》時，文思非常敏捷，有若發悟︰