另有高田派下，進入越前的一支，由如道而唱真宗的左道，排斥本願寺的覺如為邪義。此一系統後來出有四派：出雲寺派、誠照寺派、山元派、三門徒派。

本願寺與蓮如

對以上四派而言，京都大谷的本願寺派乃是獨立的，這是留守親鸞影堂，也即是由親鸞女兒覺信尼的子孫所傳的一派。由其曾孫覺如而將影堂命名為本願寺。但此派曾有一度沒落，直到蓮如（西元一四一五～一四九九年）出世，方見中興。營建本願寺於吉崎之山上，房舍達一、二百軒，並將教勢自北陸推展至奧州境內。從他所寫許多的「御文」之中，可以看出蓮如教化的重點，是在地方的民間。他的宗義平易簡明，深受民眾歡迎。

可是，越前專修寺的門徒，與本願寺門徒之間，也發生了軋轢。越前一派聯合了豐原寺、平泉寺及加賀的白山寺，因為蓮如成立第二山門而加壓力，卒因加賀地方的守護富樫親政，黨於真慧派的越前專修寺門徒，文明八年（西元一四七六年），率眾來襲吉崎的本願寺，蓮如因此退去。

文明九年，由於近江地方的門徒之請，又在山科地方建立本願寺。前後費時五年，完成莊嚴宏偉的伽藍，視之猶如佛國呈現，較之昔日的本願寺，規模大異。蓮如全力恢弘真宗之祖業，結果名實相應而感召了佛光寺的經豪，以及錦織寺的勝慧，豪攝寺的善鎮，先後皆來皈從蓮如。至此，真宗各派，