又復合為本願寺及專修寺的兩大主流。

一向一揆

所謂一揆，是土匪、流寇、強盜的意思。這在室町時代，是政府最感頭痛的問題，前代有僧兵之禍，此期有一揆之亂。此在真宗門徒稱為一向一揆，以其一心一向彌陀如來的宗義而得名。在日蓮宗門徒，則稱為法華一揆。這純粹是因群雄割據，各霸一方的諸藩之間，彼此虎視，相吞相併。所以各皆利用宗教的宗派集團之間的矛盾，起而煽動宗派集團的武裝鬥爭，期藉宗派勢力的延伸，發展各自政治勢力的範圍。

文明七年（西元一四七五年），蓮如因吉崎的本願寺受專修寺門徒襲擊而離去，本願寺門徒遂對付政親，專修寺門徒皆助政親，於長亨二年（西元一四八八年）六月，開戰於高尾城。結果本願寺門徒大勝，並挾勝利餘威，長驅直入，而致越中、能登、越前等北國地方，頓形大亂。

此後，又在尾張三河地方，專修寺門徒協助德川家康，本願寺門徒即於永祿六年（西元一五六三年），結集大軍對抗家康，結果是以媾和終局。

室町末葉，大名織田信長，志在平定全國而成統一之局，故自尾張地方，起兵西上，並預選大阪石山之景勝地方，為其雄圖之策源地。故於元龜元年（西元一五七〇年），商請本願寺將石山的寺基遷移轉讓，但遭拒絕，因而激怒信長，