等到德川家康於關原戰役（西元一六〇〇年）之後，專以貿易為本，吸引外資及技術支援，對基督教遂取默許態度。基督教得此復活機會，迅即遍及全國，至慶長十年（西元一六〇五年），信者激增至七十萬人。傳教師為佈教的便利起見，乃設學校以養成傳道之助手，並設醫院、孤兒院、癩疾收容所，以吸收一般的信徒。可是，基督徒的思想行為，動輒違抗君父之命，此與封建政治及倫常觀念，格不相融；且以英國及荷蘭因商業競爭而說西班牙在日本有領土野心，家康遂下令禁止基督教。為了禁教而引起了寬永十四年（西元一六三七年）的基督徒島原之亂，幕府深感基督教之弊害，便開始了所謂鎖國政策。

如何根絕基督教的潛移默行而防止其死灰復燃？幕府便利用佛教的基礎，建立所謂寺檀制度，以徹底肅清基督教的餘勢。

寺檀制度，是將全國每一個國民均納入佛教的組織，不論你加入那一宗派，均算合法。最初是為基督徒之轉入佛教者，須取得寺院之證明文件，叫作寺請證文，證明他確已脫離基督教而改信佛教。後來則使全民皆得歸屬於佛教的寺院，人人皆擇一宗之一寺而自為檀越，稱為檀家信徒，並負維持寺院費用及其住職生活的責任。更進一步，僧侶具有戶籍公證之特權，檀家信徒若遇結婚、生產、死亡，乃至移址、旅行、蓄奴婢等事，均得與所屬寺院聯繫勘錄而取得證明，