清世祖順治十一年（西元一六五三年），率門弟二十餘人東渡。

隱元隆琦本為中國臨濟宗的法統，但他生活於明末清初之間，稍晚於蓮池大師雲棲祩宏，故其頗受蓮池所倡「禪淨合一」思想的影響，與古來的臨濟宗風已有不同。他到日本之時，亦不能與早期傳去日本的臨濟宗相合。但他的宗風，卻極受日本諸禪僧的歡迎而競相參謁，轟動一時，尤其是妙心寺的龍溪、禿翁、竺印，先請他到妙心寺，又轉住普門寺。

此後，隱元頗有西歸之意，事為龍溪得悉，力加挽留，並且伴同至江戶，於萬治元年（西元一六五八年），謁見將軍家綱，受到幕府之信賴。次年返京都，由於龍溪的斡旋奔走，家綱以山城宇治之土地見賜，作為寺基，寬文元年（西元一六六一年）竣工，仍以他在中國所住的黃檗山萬福寺為其寺號，並遵幕府之命，祝國開堂。自此，黃檗宗即與原有的臨濟、曹洞並稱，而成為日本禪宗的第三大派。寬文五年，幕府布施寺領四百石，免除稅役。隱元則於寬文四年，功成身退，讓席於木庵性（西元一六一〇～一六八四年）。性續建堂宇，確定一山之清規，是以黃檗宗風益加振拔。

隱元門下之嗣法者二十三人，其中除龍溪、獨照性圓、獨本性源三人是日人之外，均為中國人。龍溪德學並秀，蒙後水尾天皇之信任，賜號大宗正統禪師，