但他熱心於萬福寺黃檗宗的開創行動，頗受妙心寺一派的非難，故於寬文九年，乾脆脫離妙心寺而成為隱元的法嗣。

黃檗禪僧

隱元門下，木庵性與即非如一，稱為黃檗宗的二甘露門，尤以木庵為著。木庵繼主萬福寺法席之後，開三戒壇，為廣大的信徒授戒。又下江戶，見家綱，受寺領及金二萬兩的布施，以實萬福寺的經常費及增建費。又由木庵門下的鐵牛及潮音等之東下，在江戶開瑞聖寺；隨後，黃檗禪風因此而播於關東地方。

木庵門下的鐵牛、慧極、潮音，稱為三傑。

鐵牛道機（西元一六二？─一七〇〇年），以自牧子自號，繼席瑞聖寺。延寶六年（西元一六七八年）巡化下總地方，經營樁沼之開荒事業，拓出新田（年產量）八萬石，晚年住於洛西的淨住寺。慧極道明繼鐵牛而主席瑞聖寺。潮音道海乃是神道及儒術兼學的人物，他在上野館林地方，開創廣濟寺。

另有兩位重要人物，一是鐵眼道光，一是了翁道覺，均於日本文化有重大貢獻。

鐵眼道光（西元一六二七～一六八二年），本是淨土真宗的人，後皈依隱元，又親近木庵，道譽極隆。天和元年（西元一六八一年）完成了《大藏經》