包括講堂及寮舍的兩部。當初的所化人數，各處均為五、六十名上下，以後漸次增加，到了寶曆及明和（西元一七五一～一七六四─？年）之頃，增上寺的所化人數達二百至二百五十人之間。真宗本願寺派的學林，在明和及安永（西元一七七二─？年）之際，即超過了一千人；至江戶幕末的安政（西元一八五四─？年）年間，竟超過了一千六百人。至於大谷派，在天保九年（西元一八三五年），就已有了一千八百四十七名所化。

檀林的課程方面，以日蓮宗來說，先修《四教儀》、《集解》、《觀心》，此為法華三小部，共六年；《法華玄義》、《法華文句》、《摩訶止觀》，此為法華三大部。《法華玄義》，又分新、中、古的三級，共四年；《法華文句》及《摩訶止觀》的修學年數則無限制。再說淨土宗的科目，共分名目、頌義、選擇、小玄義、文句、禮讚、論、無部等九種，無部不限年數，其他八部則為每三年修一部。依照各人所修的年數，決定其僧職及僧階的資格。例如：真宗派是照各人所修科目及年數而區分為新隸、下座、中座、耆年、上座、臘滿等的階次，求學十六夏以上者，稱為臘滿。

由於學事興隆，各宗的學者也紛紛出現。

日蓮宗學者

日蓮宗是諸宗之中學問興隆最早的一宗，此期間，以日重、