但到慶應三年（西元一八六七年）十二月，宣布王政復古，慶應四年，即是明治元年（西元一八六八年）三月，便頒神佛判然之令，其要點是：恢復任命神祇官，全國神社與佛教分家，神社中凡是穿著僧裝的神職人員，應恢復神職之服飾，同時禁用佛語稱呼的神號，禁供佛菩薩形貌的神像，禁用木魚及梵鐘等的佛具。因此，沿用了一千多年的神佛合一的信仰，即在此一命令之下廢除，神社自行獨立，脫離了佛教的支配。由於這一棄舊更新的命令，神社中的佛味固然剷除一清，同時也趁此機會，形成了廢佛毀釋的狂潮。

不論新政府的政策，是否有意摧毀佛教，但在當時的神祇官的計畫，以及平田派及本居派的神道學者的行動，確有一舉把佛教撲滅的願望。他們廢棄佛像、佛經、佛具，並且迫害不願還俗的神社僧侶，焚燒佛教的塔寺。又有薩摩、信州松本等藩地，竟以各藩的命令，廢止了多數的佛寺，強迫僧侶還俗，又在真宗最盛行的富山藩，將一千三百二十餘所寺院合併為一寺。

這種暴烈的行動，實非國家之福，故而政府出面宣布此非明治政府的意旨，並令應該辨明禁止神佛混合，不即等於廢佛毀釋。此乃恐怕引起佛教之反抗，因為民心激昂，特別是真宗的力量，最不可忽視。事實上，廢佛的結果，還是引起了地方民眾的反動，例如明治四年，三河大濱的騷擾；五年，