且為對治新來的耶教起見。故到明治五年四月，動員神官及僧侶，任命為教導職，教導人民，安定民心，有三條「教則」，其內容如下：

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  當體事教神愛國之日。
  
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  當明辨天理人道之事。
  
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  當奉戴皇上，遵守朝旨。
  

教導職也分階級，自權訓導而至大教正，共有十四等。同時由於佛教各宗的聯合請願，著教部省於增上寺設置大教院，此外，於各府縣開設中教院一所，大小神社及各宗寺院，又設小教院而置於中教院的管轄之下。大教院及中教院所供的，則為天中主神、高皇靈神、神皇靈神、天照大神。這本來是佛教徒藉此政府利用佛教的機會，以訓練教導職之養成為名義，使佛教挽回業已失去的地位。但是這樣一來，神官與僧侶，共同在一起唱讚神的祝詞，行神道的儀式。這種怪異的狀態，神佛兩教，都感到不滿意。

佛教再度獨立

在神道政治以及科學建設的新時代的浪濤襲擊之下，佛教之中的出家宗派，均已無以自保，在家的新佛教，卻發揮了強大的潛力。暴力反抗的，是真宗的表現，做文明之抗議的，初也是真宗的努力；啟發新佛教運動的，還是以真宗的學者為主。直到今日，日本仍以真宗及日蓮宗的實力最強大。