然而好景不長，第十主成宗王（西元一四七〇～一四九四年）即位後，便以文教之振興作為治國之要道，他自己精通經史百家之書，特別潛心於性理之儒學，因此而用儒生之言，排斥佛教。二年，禁止京中有念佛之所，驅逐城中所有的巫覡之輩。據《慵齋叢話》卷一說：「凡于佛事，臺諫極言其弊，由是士大夫家畏憲章物議，雖遭喪忌，俱依（儒）法行祭，不供佛僧，其因仍不廢者，惟無賴下民，然不得恣意為之。又嚴度僧之禁，州郡推刷無牒者，長髮還俗，內外寺剎皆空。」

六年，撤毀城內外尼寺二十三所，將經書藏於成均館尊經閣。

好在貞熹王后信佛，十一年，重修砥平的龍門寺；仁粹太妃也崇佛，十九年，重修海印寺。但是，儒生的力量很大，竟敢燒掉仁粹太妃所造的佛像，並且得到成宗王的支持，說：「儒生闢佛，可賞而不可罪。」

到第十一主燕山君（西元一四九五～一五〇五年）時，首先由於他的祖母仁粹太妃信佛，所以隨從太妃之意，為成宗王追福而設水陸法會，在圓覺寺印佛經，在廣州造奉恩寺；太妃又為燕山君祈壽祝福，發願印《大藏經》八千餘卷。可是，到他即位第十年，當太妃一死，忽然大肆排佛：下令搬出三角山藏義寺的佛像，而放逐僧徒，將教宗的首剎興德寺的佛像撤廢，寺舍供作官用；