把禪宗首剎檜巖寺的佛像移出廢止；尤甚者，竟將圓覺寺改成了妓女院。

第十二主中宗王（西元一五〇六～一五四四年）即位之後，便將興天寺改作公廨，儒生又將該寺的舍利閣燒掉。二年，廢止僧科。七年，毀掉圓覺寺；並將慶州塔左的大銅像，銷毀改製軍器。十一年，令廢忌辰設齋薦福之國俗。十三年，撤棄城南之尼舍，毀佛像。中宗王做了唯一的佛事，便是於十五年，命沙門學祖印出海印寺版的《大藏經》一部，並集百八法師，轉讀三日。

第十四主明宗王（西元一五四六～一五六七年）即位，由於其母文定王后攝政的機會，總算又把佛教稍微興了一興。王后敬信沙門普雨，光揚佛法。四年，就尼寺淨業院之舊基，構築新仁壽宮。六年，恢復禪教兩宗的僧科。王后為了復興佛教鼓勵出家，可是，未能制定一套制度，以致民家竟有四、五子全都出家為僧而避兵役者，於是僧徒日繁，軍額日縮。此期間，以奉恩寺為禪宗首剎，由普雨住持統攝之；以奉先寺為教宗首剎，由守真住持統攝之。

因為佛教復興，又引起了儒生的反抗，他們所選的目標，便是普雨。在李珥所謂「論妖僧普雨」的疏中說：「今茲普雨之事，舉國同憤，欲磔其肉，以至國子抗疏，兩司交章，玉堂進劄，累日不已。」（《靖陵誌》）普雨受到攝政后的敬信，大弘教化，在朝的儒臣，便視他如眼中之釘。文定王后在生之日，