投大安寺行表之門出家為僧，二十歲受具足戒於東大寺。見了平城京的佛教現狀，競以虛榮為事，頗為不滿，於是發金剛不壞不退之誓願，登比叡山，隱於山林，以建立道心之宗教，以絕「服飾之好」，以斷「嗜好之欲」。

此時，天臺教的典籍，已由鑑真律師傳到了日本。最澄先學唯識章疏，入山之後，專修天臺三大部及《四教儀》等。至延曆十六年（西元七九七年），由於內供奉壽興之推奏，列最澄為內供奉之一員，以近江國的稅收，受理比叡山寺的費用。所謂內供奉，是推選十位戒律精嚴德智隆高的大德，原係供奉於宮中之內道場，又稱為十禪師。次年，於山上講《法華經》。此後講筵年年不絕。二十年，邀請六宗七大寺的諸山大德來山，開大法會，命名比叡山寺為一乘止觀院。這個法會，是智者大師的圓寂紀念日，後來永為定式而改名霜月會。二十一年，由於和氣弘世及和氣真綱兩兄弟的發起，禮請最澄出山，至高雄山寺，啟建法華三大部之講筵。講筵終期，即奉天皇下達入唐求法之詔，遂應命上表，感淚皇恩，並謂於法華之深旨尚須探求貫通，於天臺之章疏尚未得其定本。

延曆二十三年，最澄隨同遣唐使，乘船來華。他的身分是還學生，以別於留學生。留學生是長時期的學習，還學生是做短時期的視察觀摩。另有隨行的留學生圓基及妙澄，加上一個為他擔任譯語的沙彌義真。