即起而與之做義理之論爭。其論爭焦點，是三乘一乘權實之問題。此實繼承中國佛教之爭議的餘緒。法相宗的主將是德一，他首先作《法華新疏》以難破最澄，他以法相宗的立場，判《法華經》為權教；最澄起而反擊，判《法華經》為一乘實教。德一為此著書，約十多部，最澄反駁之著，也有八、九種。

又有一個問題，從來日本全國僧尼受戒，即以鑑真所建的天下三戒壇為準；但於最澄歸國之後，認為天下三戒壇是小乘戒，他的天臺宗為求徹底的獨立，標榜要另設大乘戒壇。這對南都六宗，當然不會同意，因而又引起一陣論戰的糾紛。故而一直等到最澄圓寂後第七日，大乘戒壇始獲准建立。

最澄以五十六歲的壯齡，寂於弘仁十三年（西元八二二年）。四十五年之後，於清和天皇貞觀八年，諡號傳教大師。此亦為日本之有大師號的嚆矢。

最澄自立大乘戒壇，主要是看不慣奈良南都佛教的腐敗。南都為都市佛教，他所建立的是山林佛教，淡泊名利。所以他有兩句名言：「衣食之中無道心，道心之中有衣食。」

最澄寂後第二年，比叡山的一乘止觀院，更名為延曆寺。寂後第六年，大乘戒壇在山上建立完成。最澄門下數百，上足弟子則有義真、定光、圓澄、圓仁等。