其他各宗包括南都及北嶺（比叡山）的徒眾，即起而反對。比叡山一派於元久元年（西元一二〇四年）集議制止專修念佛之流行；南都方面則以源空輕忽佛戒，好謗他宗，排斥餘行的理由，於元久二年向朝廷奏請糾彈。故到建永二年（西元一二〇七年），朝廷即宣令取締，並處源空師徒於重刑：計判死刑者四人，流刑者源空等八人。至建曆元年（西元一二一一年），源空蒙赦歸京都，住於東山大谷，但他已是七十九歲的人了，第二年即示寂於彼。在他死後，他的自由教團，雖仍屢受舊派的迫害摧殘，然他畢竟是成功了。寬元二年（西元一二四四年）賜號通明國師，元祿元年（西元一六八八年）東山天皇諡號圓光大師。滅後五百年，又由中御門天皇賜號東漸大師。

源空門下的諸流

源空的門下很多，並且各自成派立宗。例如：聖光房辨長上人開出淨土宗鎮西派，善慧證空上人開出淨土宗西山派，皆空房隆寬律師開出長樂寺流，覺明房長西上人開出九品寺流，成覺房幸西上人倡導一念義，尤其又有親鸞聖人開出了淨土真宗的新興宗教。由西山流又分出了一遍上人所創的時宗。

淨土宗、淨土真宗、時宗，乃由源空系下分張設教的三大流，迄今仍為日本佛教最大的宗派者，也唯源空系下的門流而已，可見源空之對日本佛教的影響之大了。