而且日益增加。正嘉元年（西元一二五七年），日本適遭大地震、大風、洪水、饑饉、時疫等災難相繼襲擊，日蓮為了探究其因，即於次年至實相寺，閱讀藏經並作冥想，結果，以為是由於專門弘通淨土及禪等諸宗的邪法而致正法不行的緣故。於是撰著《守護國家論》及《災難對治鈔》，以述其旨趣。到了文應元年（西元一二六〇年）七月，將其所作有名的《立正安國論》，獻於鎌倉幕府的前執權北條時賴。內謂若不容受法華信仰，也不停止念佛之教，則三災八難不免，外寇亦自遠來襲。對於這點，卻觸犯了執權北條長時的忌諱，所以大為憤怒，他的草廬，亦為舊有諸宗的徒眾擊破焚毀。日蓮本人，僅以身免。

受此迫害，卻更加堅強了日蓮的信心，依然猛烈地攻擊他宗，積極地倡導唱題成佛之說。於是，再度帶來了迫害！弘長元年（西元一二六一年），幕府將他流配到伊豆的伊東地方。文永元年（西元一二六四年），又遭反對派的伏擊，他的弟子之中，有幾位因此喪命，他亦負了創傷。

到了文永五年（元世祖至元五年），由於蒙古第二次遣使至日本對馬島，並擄島民二人而去，即知強敵將至，恰好為日蓮的預言所中。他便再度上書幕府，他說：非以《法華經》之功德，無以鎮護國家。並寫四句格言，分送鎌倉諸大寺，謂：「念佛者無間地獄業，禪宗天魔所為，真言亡國之惡，律宗國賊妄說。