本願寺初為文永九年（西元一二七二年）營建於京都大谷之本廟，是親鸞的墳墓及影堂之所在，土地是其末女覺信尼（俗名彌女）所獻。本廟則由其門弟共同管理。留守之職仍由覺信尼的子孫相續承繼。到了親鸞的曾孫覺如，始發展而稱為本願寺。寺號的定名年代，大概是在正和及元亨之間（西元一三一二～一三二三年）。另有親鸞門弟真佛的高田派，傳至顯智而極其隆盛，以專修寺為中心。

法華信仰的獨立

在源空的專修念佛成立之後約八十年，又出了一位日蓮聖人，開創了以法華信仰為根本的日蓮宗。日蓮（西元一二二二～一二八二年）生於漁家，故其自謂：「日蓮乃日本國東夷東條房國海邊之栴陀羅子也。」十二歲入其故鄉的清澄寺，求學內外諸典，十六歲落髮，法名蓮長。此後，即歷訪南都北嶺等地的諸宗名師，深契《法華經》之妙理。建長五年（西元一二五三年）三十一歲，歸清澄寺，同年四月二十八日之晨，登山頂，面向由海上昇起的日輪，他便高唱「南無妙法蓮華經」之經題，是為開宗的起源。他向大眾宣稱：《法華經》是一切經的眼目，是諸宗的中心。同時他攻擊他宗之論鋒極其銳利，因此不見容於故鄉，移居鎌倉，結一草廬，同時改名為日蓮。

但他傳道之心熱切，常於鎌倉市區，高唱經題，並向來往行人，男女老幼，勸導說法，鼓吹法華信仰，論難念佛之非。受其感化而皈從之者，道俗皆有，