最特殊的是為了求得六根清淨，而逐條懺悔六根罪業。此在智顗的《法華三昧懺儀》中也照樣援用。因為《觀普賢菩薩行法經》中對於懺悔的功能有如下的說明：「若聲聞毀破三歸及五戒、八戒、比兵戒、比丘尼戒、沙彌戒、沙彌尼戒、式叉摩尼戒，及諸威儀。愚癡不善，惡邪心故，多犯諸戒及威儀法。若欲除滅，令無過患，還為比丘具沙門法，當勤修讀方等經典，思第一義甚深空法。令此空慧，與心相應，當知此人，於念念頃，一切罪垢，永盡無餘。……若欲懺悔滅諸罪者，當勤讀誦方等經典，思第一義。……不必禮拜。應當憶念甚深經法，第一義空，思是法者，是名剎利居士修第一懺悔。」（註一六）

這是說，若能讀誦方等大乘經典，心與空慧相應，即不須以禮拜的方式懺悔，而且是最高的第一懺悔。相反地，如果尚未能與空慧相應，還是要心惟口宣，五體投地，遍禮十方無量諸佛，求哀懺悔。此在《法華三昧懺儀》中也說：「觀心無心，法不住法，諸法解脫，滅諦寂靜，作是懺悔，名大懺悔。」（註一七）

若以知禮的《金光明經文句記》卷三上所說的三種懺悔法而言，最高的懺悔是無生懺（註一八），即是以無念念實相。那便相當於《觀普賢菩薩行法經》的第一懺悔，也是《法華三昧懺儀》的大懺悔。懺悔行法，本為業重障深不易一心專念地修習無漏的定慧者設，然到宋明以後的中國佛教界，舉行各種禮懺道場，