除了編入朝暮課誦〈楞嚴咒〉、〈大悲咒〉、〈十小咒〉、蒙山施食儀的十四咒、臨齋儀的三咒，尚有附錄的〈尊勝咒〉、〈普庵咒〉、〈祈雨咒〉、〈二佛咒〉，以及其他的三十六咒。此與《毘尼日用錄》所集的咒文，有許多相同。故可推定，也是編成於明末清初的時代。

經過元朝蒙古民族統治的中國佛教，由於來自蒙藏的喇嘛教的影響，明代有一類專為人家超度亡魂等誦經持咒的僧人，被稱為瑜伽之教，用的是顯密之法（註九）。故在明末之世，蓮池大師修訂《水陸儀軌》，寶華山的律宗道場修正《瑜伽焰口》，大量採用密咒，效仿密壇的儀軌，稱為顯密圓融。明末的蕅益大師，亦特重持咒，共持有〈楞嚴咒〉、〈大悲咒〉、〈地藏咒〉、〈觀音咒〉、〈藥師咒〉、〈往生咒〉、〈準提咒〉、〈七佛滅罪真言〉等八種神咒（註一〇）。

如上所舉的事實，說明中國雖未成為密宗盛行的地區，密教卻附於顯教的諸宗而在流行。當然，密教的另一特色，是儀軌的重視，此到下一節中討論。