每院在總院之內又各具一個格局，如彌勒院、文殊院、觀音院、地藏院、華嚴院、戒壇院、翻經院等。在五臺山的顯通寺，相傳於北魏孝文帝時代（西元四七一～四九九年），即有「置十二院」的記載。在中等的大寺院，將分院之名改為殿名，同時設有堂口，如法堂、禪堂、客堂、齋堂、講堂、念佛堂、如意寮等。不過不論寺院大小，必建有僧寮、大寮（廚房）、庫房、廁所等的配置。

根據唐代道宣律師的《戒壇圖經》（《卍續藏》一〇五冊，新文豐版）介紹印度祇洹精舍的建築規模及其布局，是以後殿為中軸線之中心，後佛殿之最前部分是外門，依次向裡是中門、前佛殿、七重塔，後佛殿之後有三重樓、三重閣、後門。中軸之右側前方有西門，由此向裡有三重樓、經臺、兩座五重樓、一口蓮花池；由此線再向右邊，以右側的西巷道兩旁建十一座分院，巷口西側為西小門、巷底為後門。中軸線的左側，也有重樓、巷道、分院，自成一軸線；在此左側軸線之左方，有一條三里寬十七里長的大路，種有十八行樹，配以溝渠灌注；在此大路之左，又有兩小軸線，乃是果園、井亭、蓮池，各種用途的庫房、廚房。此當為中國佛教寺院建築布局的濫觴，唐代以下的佛教寺院之規模較大者，不論建於平地或建於山區，這種以佛殿為中軸線之中心的原則是不會變更的。而且道宣律師雖然介紹的是印度的祇洹精舍，圖面的表現形式，