佛教初傳日本之際，保守派和革新派之間，也為對於佛教的迎拒問題而發生爭端。終由於新派勝利而將佛教的信仰和佛教的文化，盡量吸收和弘揚，甚至日本第一位偉大的政治家聖德太子，將佛法的精神，制定憲法，作為國民的基準。因此，佛教在日本，曾有好多個世紀為貴族所崇，亦為民間所奉，乃至到了現在，在全日本共計一億四千五百多萬人口之中，佛教徒仍佔有七千二百三十三萬一千多人，其餘的除了六十七萬九千三百多人是屬於基督教的新舊兩派的教徒之外，神社神道系的信徒，即佔了五千六百二十二萬八千多人。我們對此仍須明白，此在明治維新（百年）之前，未倡神佛分離之時，信神社神道的人也信佛教，縱然到了目前，仍有不少神社的信徒是兼信佛教的，可知，佛教文化之與日本的關係之深切了。也正因此，日本的佛教雖仰給於中國的輸入，進口之後，則已加入了日本的地域性的色彩，正如佛教由印度經西域至中國，到了中國又自成為中國型態的佛教一樣。日本佛教的日本化最顯著的，乃是親鸞的淨土真宗，特別是日蓮的日蓮宗。

可是，縱然有了日本化的佛教出現，佛教終究是由外國引入的。尤其當時的西洋科學文明的浪潮洶湧，中國的張之洞，提倡「中學西用」，主張廟產興學；日本的明治天皇，在技術上積極地採用西方的科學文明，