其次是平安時代（西元七八二～一一九七年，也就是唐德宗建中三年至南宋寧宗慶元三年），日本繼續派遣僧人來華。自唐高宗永徽四年（西元六五三年）至唐禧宗中和二年（西元八八二年）的二百三十年間，前後來華日僧之有名可考者，也有六十五人。平安時代的日本，天臺及密宗由開創而至於極盛，乃係由於入華求法的高僧最澄及空海兩人之努力。尤其他們兩人以及其門徒，均得信助於歷代的皇室與貴族。因此，凡是當時的僧人，其身分及所受的待遇與貴族相等。所以日本史家稱此期為「貴族佛教」。

再次為鎌倉時代（西元一一九二～一三三三年，也就是我國南宋光宗紹熙三年至元順帝元統元年），此期間，華嚴宗復興，著《八宗綱要》以及《三國佛法傳通緣起》等書的凝然大德，即是中興華嚴的高僧。律的中興者有叡尊及良觀、俊存、曇照等人。最要緊是有源空獨立了淨土宗，一遍創立了時宗，親鸞成立了淨土真宗，日蓮開出了日蓮宗，榮西輸入了臨濟宗，道元帶回了曹洞宗。一時間，舊宗的復興與新宗的建立，蔚為大觀。不過，尤可注目的是鎌倉時代開出的淨土真宗及日蓮宗。日本佛教源出於中國，然至我國的南宋時代，加上了日本民族及地理的特殊因素，即出現了日本自己的佛教，縱然日本的天臺、真言，乃至禪宗的內容，已非中國的面貌，但仍未能全盤日化，唯有淨土真宗及日蓮宗，