原因是日本人對於祖先的崇拜和敬仰,甚至比中國人的意識還要強,檀家的祖墳或祖牌,供在寺院中,如果逢到「彼岸」及「御盆」(相當中國的清明及盂蘭盆)、「開山忌」(建寺者逝世日),久久不去寺院,寺院中為了新到者需要位置,就很可能把久久無人奉祀的墳墓及名牌,當作「無祀孤魂」處理掉,這在日本人是極不願意的事,這也正是日本之所以很少有人信仰基督教的原因之一。寺院和信徒之間的關係,不是建立在信徒的信心或寺僧的感化,乃是基於祖先崇拜的結合。所以,德川幕府的統治,雖已結束了一百多年,寺院的「檀家」制度,仍在維繫著與寺院的關係。也因於此,這種狀態的寺院佛教,被知識階層稱之為「葬式的佛教」或「墳墓佛教」。現代的許多新興教派之不建寺院而設教會,並且把寺院的佛教當作攻擊的目標,原因也在於此。

日本全國的寺院總數,在八萬座上下,大多均擁有墓地,以東京而言,擁有墓地的寺院,即佔百分之八十五點三,東京寺院之建於江戶時代及其以前的,佔百分之七十九,明治以後新建的佔百分之二十一。這是為了適應人口的增加而增加了寺院的建設,這些新寺院的僧侶,多係老寺院中分張出來,新寺的檀家,也多是各該宗派老檀家的後代,雖無政令規定他們成為某寺的檀家,在習慣上若到了新的地方,在祭祖季節,他們自然地會到就近的屬於老家同一宗派的寺院去。