以致有人甚至誤以他是唯識宗的學者，其實他只是在理論的說明上，為了投合現代科學觀點而方便利用唯識而已，凡涉及如來藏與唯識思想的比較時，他便以為唯識是不究竟的了。比如他說《大乘起信論》是八地菩薩馬鳴所造，唯識系的祖師所著是初地菩薩，《唯識三十頌》的作者世親，不過是未登地的加行位人（註一八）；因此，《大乘起信論》的真如，具足體、相、用的全部佛法在內，唯識論的真如，僅指本體而言，所以不說受熏（註一九）。如此一來，既將《大乘起信論》的地位提高，又將真如受熏與不受熏的兩論之矛盾點解決了。又以唯識的三性，來解釋如來藏，從《佛性論》的三種佛性配合三種如來藏，而說是與唯識論的依他起性、遍計執性、圓成實性，相一致（註二〇）。

依據太虛唯心的觀點是「法流多流，體源一味」（註二一）的，作為佛法之體的真如是一味的無差別的，有差別是說法的運用方便，他將差別的佛法，分成以「簡擇」為主的般若（三論）宗，以「有」為主的唯識宗，以「無」為主的真如宗（禪宗、天臺、賢首、密宗）。又用唯識的三性來說明此三宗的特色：般若宗擴大遍計執性而縮小其餘二性，唯識宗擴大依他起性而縮小其餘二性，真如宗擴大圓成實性而縮小其餘二性。同為圓教，而勝用各殊。但是說到真如的觀念時，又覺得唯識宗略微狹窄一些，唯識宗的真如受熏，在四緣之中，僅為因緣，