四十三歲，四月間出席全國佛教徒會議，被選為執行委員，會議改選，大師派獲勝，會址設於首都，中國佛教會之成立，至此始獲中央黨部的認可。但以圓瑛法師不合作而辭去常委，諸山承認的經常費亦不繳，使會務無法進行，大師鑑事難行，亦於六月聲明辭職，這是大師組織教會的又一次失敗。是年又因有大師門下揭諦老之隱，而招諦老徒屬對大師的誹謗。大師又提出他對僧教育的理想：「一支為汰除的僧教育，使之退為沙彌或優蒲，以習農工而自食其力。一支為考取的僧教育，使之入律儀院二年，教理院七年，參學處三年的學僧；養成弘法利人的職僧；由選拔為職僧，推定為德僧者以主持佛教。」但此始終未能實現其少分。

四十四歲，在世界佛學院的計畫之下，前一年北平柏林學院因經費支絀而停辦，是又在重慶北碚縉雲山，創辦漢藏教理院，正式開學。十月，應奉化蔣公延請，住持雪竇寺。又於閩南佛學院開示學僧：「現代學僧所要學的，不是學個講經的儀式，必須要能實行佛法，建立佛教，昌明佛法，而養成能夠勤苦勞動的體格，和清苦淡泊的生活。」十月，應廈門大學教授所組文哲學會之約，講「法相唯識學概論」。

四十五歲，因有熊十力的《新唯識論》，而與熊十力及支那內學院有法義之辯。