也不喜歡唯識思想，事實上他講述的第一部經就是如來藏系統的《勝鬘經》，那是一九五一年的事，地點在香港屯門淨業林。比這還早的是，一九五〇年在香港大埔墟梅修精舍，就已講出了如來藏系統最重要的一部論書《大乘起信論》。

雖然他的《中觀論頌講記》是講於更早的民國三十一年（西元一九四二年），但他也沒有忽略唯識系統的論述，先講出《攝大乘論講記》，後又為韋達教授英譯的《成唯識論》寫序。同時著有《唯識學探源》一書，並且站在唯識學的立場寫過一篇〈評熊十力的新唯識論〉。印老一向主張以佛法解釋佛法，唯識固然跟中觀的思想不同，畢竟自有其本身的立場。而熊十力先生是以新儒學的立場來解釋唯識，這明明是儒學而不是佛法的唯識，所以印老不能認同，並且期期以為不可。

一般人還認為印老是經院派的考據學者，他也不承認。他說：「我重於考證，是想通過時地人的演化去理解佛法，抉示純正的佛法，而丟下不適於現代的古老方便，不是一般的考據學者。」他反對僅為學問而學問、為研究而研究、為考證而考證的學者。他認為對佛法的研究應該要：1.重視其宗教性；2.重視求真實；3.具有以古為鑑的實際意義。也就是說，佛教如果離開宗教性，就變成學術而缺乏化世的功能；所以佛學的目的是為了讓世人學佛，應該是宗教的。至於歷史的考證，是為了使佛法更具真實性。對歷史的研究也有必要，