此後他便依據天臺宗的註經方式來解釋經論。而且他撰有天臺宗的綱要書《教觀綱宗》、《法華經》的解釋書《法華會義》、天臺宗的宗義書《法華玄義節要》。因此，被後人認為他是天臺宗的大學問家。若想要懂得蕅益，也就必須先瞭解天臺宗的教義，因此而使我先去讀天臺智者大師的《法華文句》、《法華玄義》以及《摩訶止觀》。當時的我，也很希望能從天臺宗的思想脈絡，來看蕅益大師的著作。結果我將蕅益的《法華會義》及《法華玄義節要》和天臺智者大師的著作對照，並沒有發現新義，只好放棄向這一方面的努力。接著發現他的著作牽涉的範圍很廣，不知從何著手寫起。若以某一經某一論的觀點來探討蕅益，那是無法掌握的，結果決定用編年的方式，找出他的行踪、思想、著作的年代及地點，以及和他所接觸到的那些人物，才能夠眉目分明地看到了整體的智旭的一生，包括他的讀書、寫作、修持、人際關係，及其思想的源流和演變。

論文的第一章是寫蕅益智旭的時代背景。由他的著作中，發現他所見到的當時的政治和社會、學術和宗教，是怎樣的狀態，再根據他的所見所聞為線索和焦點，蒐求相關的周邊資料和史料，然後寫出論文，就能夠讓我們好像身歷其境地，感受到智旭的時代環境，那正是遇到明王朝末期的衰亂、社會的不安、宋明理學家對佛教的撻伐、儒釋道三教同源論的激盪、天主教的流行和佛教的對抗、