對於當時特定人物的研究，以及特定主題項目的研究，是歷史的，也是思想的。以現代化的治學方式來研究中國佛教，先進的日本及歐美學者們，已做得不少，但他們所著眼的，多是以中國古代的資料為主。對近世的明清佛教迄於二十世紀的現代佛教，尚少有人探索。其實在明末清初的階段，中國佛教界出了許多大師級的僧俗學者，並且影響到現代中國佛教的成長延續。不論是義理之學及應用之學，包括禪、戒、淨土、天臺、華嚴等思潮，從傳統的立場，來看現代的中國佛教，多多少少都可以在明末的佛教思想中，得到消息。可是，正如我在《明末佛教研究》的〈自序〉中所說的那樣：「在我的學位論文問世之前，學界對於明末的佛教，尚是一塊等待開發的處女地。」目前雖在美國及我國內，已有幾位學者，把研究重點置於明清的佛教，但是明清佛教的資料非常豐富，尚有待於研究的項目很多，我僅拋磚引玉而已。

在對於宗教學的探索，那是我二十五歲至三十七歲之間的興趣，到一九六八年之後，我就把它放下了。

有關於禪學，我沒有做多少學術性的研究，雖然我被哈佛大學的一位教授Kenneth Kraft博士邀請，為他所編的Zen Tradition and Transition（《禪的傳統和演變》）一書，寫過一篇名為〈坐禪〉的論文，從歷史的觀點談坐禪的演變，