社會知識分子普遍反對佛教，經過太平天國的洪楊之亂，中國東南十六省的佛教寺院，幾乎摧毀殆盡，淪為廢墟。所以，到了清德宗光緒二十四年（西元一八九八年）湖廣總督張之洞，撰《勸學篇》三卷，奏請光緒皇帝，主張中學為體，西學為用，同時建議以廟產興學，將寺舍的十分之七移作校舍，寺產的十分之七移作教育。這樣的消息一出來，使得全國佛教界數十萬的寺廟，百萬以上的僧侶張惶失措，無以自救。因此，而有若干寺院的住持和尚們請求日本的保護，由日本政府向滿清政府交涉，提出了寺院自己辦學的方案。第一所便是由當時浙江天童寺的住持，請日本曹洞宗的學者水野梅曉，於光緒二十九年（西元一九〇三年），於長沙創辦的「湖南僧學堂」。接著，光緒三十二年（西元一九〇六年），由文希法師在揚州天寧寺，創辦了「普通僧學堂」。光緒三十四年（西元一九〇八年），由楊文會居士在南京金陵刻經社，創辦「祇洹精舍」，僧俗學生雖僅十數人，卻都是龍象之才，像僧眾的太虛、智光、仁山，俗眾的歐陽竟無、梅光羲等；由於經費關係，僅僅辦了兩年，但是，它對於民國以後的中國佛教，影響至為深遠。

所謂太虛大師的僧教育，以及歐陽竟無的唯識學，在僧界的人才培養和學術界的佛學的貢獻，幾乎同時出於楊文會這個系統，所以有人把楊氏譽為中國近代佛教之父。