第二所僧學堂是由文希法師主辦的揚州天寧寺普通僧學堂，鎮江及揚州諸山負擔經費，於光緒三十二年開辦，除佛學之外，有英日等外文，日文由日人道揚居士擔任，學生之有名者，有焦山的智光及金山的仁山。

第三所有名的近代佛教教育機構，要推楊文會居士於光緒三十四年在南京金陵刻經處創辦的「祇洹精舍」。招集僧俗佛子十數人，除了研究佛學及國文，並由蘇曼殊教授英文，以作進修梵文及巴利文的基礎。學生有太虛、智光、仁山、觀同、歐陽竟無（漸）、梅光羲等，雖僅十數人，但對民國以後數十年間的中國佛教，影響至為深遠。

民國三年（西元一九一四年），有月霞法師依上海哈洞花園，設立華嚴大學，輾轉遷移至杭州的海潮寺及常熟的興福寺，此有應慈、持松、了塵、慈舟等人，繼承分枝，自成一個華嚴學派，來臺灣的智光、南亭、道源等諸老，均與這一學派有淵源。

祇洹精舍辦了兩年多，由於經費困難，所以停辦，曾在該舍擔任佛學講師的諦閑老，稍後於復興了寧波的觀宗寺之際，民國八年（西元一九一九年）設立觀宗學舍，後來改名為觀宗寺弘法研究社，由此也形成天臺學的一派，分出高郵的天臺宗學院、天臺山國清寺研究社，此派出有寶靜、倓虛、常惺等諸老，