中國基督教的前身也里可溫教，曾將金山寺收為其十字寺的下院（《至順鎮江志》）。

金山寺曾歷十多次大毀壞，有些是因天然災害，有些則係政治及宗教的人為法難，比如清文宗咸豐年間（西元一八五一～一八六一年）的太平天國軍隊炮轟金山，文化大革命的紅衛兵搗毀金山，均與天災無涉。

金山的早期住持是那些高僧？史無記載，直到唐代宗大曆年間（西元七六

六～七七九年），有一位習禪的靈坦禪師，來金山澤心寺時，已片瓦無存，只好住進原為巨蟒盤踞的山洞，他曾隨洛陽荷澤神會禪師（西元六六八～七六〇年）習禪，事見《宋高僧傳》。後來傳說唐宣宗大中年間（西元八四七～八五九年），丞相裴休送子出家，世稱「裴頭陀」，法名「法海」，先在廬山學禪，後到金山，寺已全毀，拾金建寺，不知所終（王存《九域志》）。這是唐代的故事，後來的民間小說《白蛇傳》，即依此而編出了法海和尚收降白蛇精的故事。目前金山尚有白龍洞及法海洞的遺跡。

依據《金山志》及其《續志》，自宋元迄明，查其住持僧的隸屬，幾乎各宗都有，自明代成祖永樂至宣宗宣德之間（西元一四〇三～一四三五年），始從南嶽下傳臨濟正宗第二十三代文海道瀾，直傳至民國時代的霜亭，為第四十五代，