於一九六八年創立了加州亞洲研究所（California Institute of Asian Studies），一九八〇年改為現在的加州整合研究所。該所沒有大學部，總共只有六百多位碩士及博士班的研究生。

吳怡教授是在他們的哲學和宗教研究所任教。從資料中見到其哲學和宗教研究所的情況及宗旨，介紹如下：該所的課程是很特別的，它將東西方的主要哲學及宗教的傳統，放在一起研究。例如不同派的印度教、佛教、中國哲學、基督教，以及西方哲學。課程的安排使學生能很精確的研究東西方的傳統及語言的訓練，同時鼓勵比較及創作的綜合，並希望能超越傳統而不受傳統學派所拘束。這些課程的設計，是為發展欣賞人類如何廣泛回答有關生活和自然的最終問題，評估精神領域的發現，及各種精神上的學說，同時希望對哲學的領域也能有較廣的認識。

鼓勵哲學和宗教研究所的學生，在研究語言、教學、佈道、文化等方面的相互溝通，以發展出特定的知能。同時學生們和教職員，將會有很親密的工作關係，以幫助學生追求個人的目標。對該所來說，哲學應不僅是單純的、抽象的專業學術，而更應該是在個人和社會上擔任積極參與的角色。因此，除了給學生們專業文憑外，這些課程也啟發學生的創作潛力，並將哲學應用在一般傳統的運用之外。