當時皇帝「敕諭」任該寺的住持德令為「僧錄司右覺義」的官職，並且明文制止在寺內寺外砍伐古樹、任意放牧，官員軍民諸色人等，不許「侮謾欺凌」，這些文字刻在一塊石碑上，現猶立於寺內鐘樓西側。到了明世宗嘉靖二十九年至三十五年（西元一五五〇～一五五六年），由御馬太監捐資，經七年的時間，再度重建了該寺，主要的工程是重建了大雄寶殿、天王殿、金剛伽藍祖師殿、鐘鼓二樓等殿堂。到了明末神宗的萬曆年間（西元一五七三～一六一九年），也不斷的由朝廷維修翻建，例如現在寺門外的石牌樓及寺內的銅鐵焚爐等，都是萬曆年間的遺物。

到了清朝的康熙、乾隆及恭親王，他們是戒壇寺的三大護法。清聖祖康熙二十四年（西元一六八五年），皇帝曾到西山遊歷，留住戒壇寺，並為該寺撰寫了碑文，為大雄寶殿書寫了「般若無照」的橫匾，以及「禪心似鏡留明月，松韵如篁振舞風」的楹聯，並為戒壇殿寫了「清戒」二字的橫匾。

康熙五十四年，由該寺住持憨默成喆募款修復了寺院殿堂，這可以從現在戒壇殿前的一方「敕建馬鞍山萬壽大戒壇主平陽第四世賜紫喆公行實碑」記述的文字中見到當時的情況︰「佛號經聲，六時無間。過者爭停車馬，摳衣躡履，上山瞻禮。」並說當時寺內僧侶近四百人。

清高宗乾隆皇帝也於乾隆十八年（西元一七五三年）、二十九年、四十四年、