金頂寺建於雞足山的極頂，原名天柱峯，明弘治年間（西元一四八八～一五〇五年）有僧人在此建庵；到嘉靖年間，大理李元陽在此創建「普光殿」；到萬曆二十八年（西元一六〇〇年），創建七級正方形「光明寶塔」，以石材為基礎，磚做塔身，銅為塔頂，高約十丈。萬曆和天啟年間，個別建有觀鳳閣、天長閣；崇禎十年（西元一六三七年）張鳳翮在山頂築八尺高牆，周圍一百餘丈，四方各設門樓，以便向四外遠眺。由於張氏在天柱峯絕頂修建這樣巨大的工程，當時的黔國公沐天波便同意將昆明東郊鸚鵡山太和宮的銅鑄金殿，遷置天柱峯頂，並且廢除普光殿，就其殿址，建立其金殿，因名為「金頂寺」。可見此寺的現名，是始於明末崇禎時代。

此後，經清順治十一年，加以重修整建。到康熙三十年（西元一六九一年），殿閣均毀於火，唯金殿及塔獨存。康熙三十一年，山上僧人以為山頂屬火星，故自建「光明寶塔」以來，累次火災，要求毀塔，另建新閣。當時雲貴總督范承勛，同意了這項請求，拆除山上的寶塔。

到了民國十八年（西元一九二九年），雲南省政府主席龍雲，上雞足山，因僧人請求而同意在光明寶塔原址，建「楞嚴塔」，民國二十一年（西元一九三二年）動工，歷時三載，興建完成，仍以石材為塔基，青磚為塔身，方形密檐式，