因阿育王第二太子至此，見碧鳳一群，乃居此修煉成道，號碧雞神，以是名山，諸峯如屏，曰華亭寺。元時有玄峯禪師得法於西天目中峯（明）本國師座下，來此開山，名「圓覺」，後人以山為名，遂改名「華亭」。前年幾售與外人，予言於唐督，乃贖回，請予住持，動工重建。於土中掘出古碑，有「雲棲」二字題識，年代已湮滅矣。後將此石嵌於海會塔上。


有關的詳細資料，可以參閱《虛雲和尚年譜》附錄張璞撰〈重建碧雞山華亭峯靖國雲棲禪寺碑記〉。

從資料顯示，這座華亭寺，在元朝至治三年（西元一三二三年），玄通元峯禪師，在此修建大光明殿，供奉毘盧遮那佛及十二圓覺菩薩像，因取名「圓覺寺」。到了至元五年（西元一三三九年），元峯禪師從江南請回《大藏經》一部，一千四百六十五冊，藏於觀音殿。明朝景泰四年（西元一四五三年），重修「圓覺寺」，題名為「大圓覺寺」。清康熙二十六年（西元一六八七年），雲南巡撫王繼文，重修該寺，名為「華亭寺」。虛雲和尚接任住持時代，該寺已是一片荒涼，庭院野草叢生，在唐督軍支持之下，大興土木，徹底翻修；建藏經樓、修大悲閣、築放生池、增鐘樓、塑羅漢像、培植花木，完成了一座規模宏大的十方叢林，取名「靖國雲棲禪寺」。但到現在大家還是習慣稱其為「華亭寺」，當時常住僧眾，