至宣統三年，虛雲和尚七十二歲，值國民黨的辛亥革命，雲南地區大亂，統兵官李根源，因誤會而派兵圍困雞足山，駐軍悉檀寺，毀金頂雞足大王銅像、銅佛殿、諸天殿。和尚獨自下山，詣軍門見李根源，李氏怒聲問曰：「佛教有何用有何益？」又說：「要這泥塑木雕作什麼？空費錢財！」更問：「奚如和尚，勿能做好事，反做許多怪事，成為國家廢物。」結果李氏被虛雲和尚以理感動，以德感化，而移住祝聖寺，隨僧眾生活，蔬食數日，執弟子禮，並請虛雲和尚為雞足山的總住持，乃引兵而去。後來這位殺僧毀寺的李根源，卻與蔡松坡等成了雲南一地的法門大護。

宣統三年，虛雲和尚在上海靜安寺參加了全國佛教總會成立大會之後，領取滇黔兩省佛教分會公文及滇藏佛教支會的公文，回到雲南，已是第二年的民國元年（西元一九一二年）。在昆明召開了雲南佛教分會的大會。民國二年（西元一九一三年）召開了滇藏佛教支會。民國三年（西元一九一四年）回到雞足山，重修興雲寺及下洋的蘿荃寺。民國六年（西元一九一七年）虛雲和尚從緬甸的觀音亭，將玉佛像經野人山運回雞足山，費時數十天。在這以後，我們就看到虛雲和尚離開了雞足山，行雲流水，處處去了。