如今般舟殿已成一片廢墟，而高聳入雲的辟支塔尚存於寺內。唐高宗麟德二年（西元六六五年）十二月，皇帝和皇后武則天到泰山封禪，曾經率領兵馬幾千人駐蹕靈巖寺十天。到了唐憲宗元和年間（西元八〇六-八二〇年），宰相李吉甫編纂的《十道圖》中，將濟南的靈巖寺、江蘇南京的棲霞寺、浙江天台的國清寺、湖北江陵的玉泉寺，合稱四絕，可見這座古寺在隋、唐時代的盛況。唐武宗會昌五年（西元八四五年），靈巖寺又遭到一次空前的劫難，全寺皆毀。至唐玄宗大中五年（西元八五一年），朝廷准予修復。到北宋景德年間（西元一〇〇四-一〇〇七年），皇帝敕名為景德靈巖禪寺。在宋嘉祐年間（西元一〇三四-一〇六三年）重建千佛殿、五花閣（目前尚存殘垣頹壁）、辟支塔，塑造毗盧遮那佛像和羅漢像。到了北宋熙寧三年（西元一〇七一年），宋神宗皇帝敕賜該寺名為十方靈巖禪寺。

在北宋大觀及政和年間（西元一一〇七-一一一八年）先後有兩位住持，又增建了許多殿堂和亭塔，形成了今天的規模；從史料中得知，當時住有僧侶五百餘眾，在金人南侵之後，該寺還有二百餘眾。到元朝至元十九年（西元一二八二年），該寺僧眾多達二千餘人，那是該寺最盛的時代。到了明朝的成化四年（西元一四六八年），朝廷敕賜為崇善禪寺；至嘉靖年間（西元一五二二-一五六六年）又名為靈巖寺。在清朝時曾一度荒蕪，