崇禎十年隱元禪師承其位。後來到清世宗順治十一年（一六五四年），隱元禪師應日本長崎的崇福、興福諸寺的邀請，束裝率徒三十餘人東渡，七年後在日本京都宇治縣大和山，仿照福州萬福寺規模，開創了一座寺院，亦名黃檗山萬福寺。

希運禪師出家後，覓師訪道曾先後到天台山、長安，後來因為有人啟示他應參訪懷海，於是他又前往江西的百丈山。得到百丈的印心之後，他來到江西新昌縣的鷲峰山，創建了一寺。因為他懷念幼年出家的道場，所以也把這座鷲峰山的新寺院稱為黃檗山萬福寺。他就在此鼓吹直指、單傳的心要，他主張：「獨佩最上乘，離文字之印，唯傳一心，更無別法。」因此而被形容為「其言簡、其理直、其道峻、其行孤。四方學徒，望山而趨，覩相而悟，往來海眾，常千餘人。」在他一生中，主要弘化的道場，也就是江西的那座黃檗山。

不過在唐武宗會昌二年（八四二年）的法難期間，河南節度史裴休，以及任官於江西洪州的鐘陵，曾把希運禪師接到洪州龍興寺（亦名為大安寺）。然後在唐宣宗大中二年（八四八年），裴休又把希運禪師迎到宣州宛陵的開元寺，為建大禪院，請師說法。最後，希運禪師於大中四年八月（八五〇年）圓寂於江西的黃檗山，留下了兩部文獻：《希運禪師傳心法要》以及《宛陵錄》。

希運禪師的禪風對後來中國禪宗的影響非常深遠。他的弟子群中，