為什麼要稱為湧泉寺呢？根據《鼓山志》的記載，此寺「其先為潭」，五代後梁開平二年，填潭建寺，寺前有一壑，泉水如湧，故名湧泉。所以後來該寺就被稱為「湧泉禪院」或「湧泉寺」了。

在神晏禪師之後，住於該寺的名匠不多。到明末崇禎七年（一六三四年），曹洞系的永覺元賢禪師（一五七八－一六五七年）擔任該寺住持，建了天王殿、鐘鼓二樓、藏經堂、法堂、三門等。同時為其同門的師兄無異元來禪師（一五七五－一六三〇年）建了衣缽塔，現在還存於該寺。元賢圓寂之後，就由他的弟子為霖道霈繼其法席，世稱古佛再來，這是該寺法運鼎盛的階段。

到了清朝乾隆年間（一七三六－一七九五年）徧照擔任住持，寺門大興。咸豐年間（一八五一－一八六一年）光耀擔任住持，寺門再度興旺，並且增置田產。同治年間（一八六二－一八七五年）空老擔任住持，增建堂閣，並且親自率眾開墾寺田，現存的殿堂建築，大致上就是元賢及道霈師徒兩代留下的規模。

在中軸線上，依次以天王殿、大雄寶殿、法堂為主殿。兩側輔以其他大小殿堂樓閣，計有二十五座，建築總面積一六六五〇平方公尺，以氣勢宏偉著稱。在天王殿前的兩側，有東西兩座陶塔，燒造於宋神宗元豐五年（一〇八二年），現在東塔有佛像一千零九十二尊，西塔有佛像一千一百二十二尊。在鐘樓上的銅鐘，