寺,最重要的一樁事,就是禮拜六祖惠能大師的全身舍利,現正供奉在該寺的祖師殿中。該寺的祖師殿共供有三尊肉身菩薩像,中間一尊就是惠能大師,穿著黃海青,披著大紅祖衣,在他的上方,有一塊匾額,紅底金字寫著「本來面目」四個大字,上款是「己卯年五月」(一九九九年),下款是「佛源補遺」。右首則是憨山德清大師肉身像,左首是該寺一位名叫丹田的比丘的肉身像,我都給他們就地拜了三拜。有關六祖大師的影像本有一塊石碑記載,但因刻於南宋孝忠淳熙十五年(一一八八年),故其碑文多已剝落糢糊。
至於憨山大師和南華寺的因緣,記載於憨山大師《夢遊全集》第五十至五十五冊,直到現在還有李根源將軍抄錄憨山大師所寫的三首詩而刻的碑文在該寺,茲錄於下:
過曹溪謁六祖大師
曹溪滴水自靈源,流入滄溟浪抽天,
多少魚龍從變化,源頭一脈尚泠然。
樵斧纔拋石墜腰,黃梅夜半寂無聊,
自持一缽南歸後,從此兒孫氣日驕。