三是根能助識，四是識屬於根，五是識猶如根。由於有這五種關係，所以根與識似乎有點類似，使得許多人都無法分清根與識，所以說「愚者難分識與根」，此所謂愚者是指凡夫外道以及二乘人。

「根能發識」是說根與境相對，識才能產生。「識必依根」是說如果沒有五根，則前五識不能產生。「根能助識」，不需要再說明。「識屬於根」是說前五識依根得名，譬如眼識依眼根得名。「根猶如識」是說如果沒有五根，則前五識不能發生作用。一般人以為識好像就是根，但如前所說，死人還有根，但是已經沒有識，因此可知根不是識，五根是純物質的，前五識則是依第六意識而起作用，第六識的所依則為第七識及第八識。所以識不是根，非常明顯。

依唯識的觀點，前五識不能以塵境為親所緣緣，但須藉五根為增上緣，以自識所變起的主觀條件為親所緣緣，塵境乃是疏所緣緣。因為五識對塵緣，必須依靠五根為增上緣，又須依自識為基礎，所以產生識用時，雖藉根塵相接觸，識所緣者，已經不是如實的塵境本身。

唯識所認知的淨色根，並非如常人說的五官外形，甚至也非指的神經叢，