坐禅の段階であり、三十一歳から亡くなる五十七歳にかけては、浄土信仰の段階である。これをなお細かくみるならば、

• 三十一歳から三十九歳までの間は、持咒行を中心とする段階。
• 三十三歳より四十八歳にかけての間は、礼懺行を中心とする段階。
• 四十九歳より終身までは、専ら念仏行に没頭していた段階である。

彼の礼懺行為については、すでに紹介したが、次に智旭の持咒行為について述べたい。同じく年代順によって、資料を整理、図示すると、次のようになる。

歳年	咒名	持咒遍数	持咒目的	資料根拠
31歳（1629）	地蔵滅定業真言	百万	願正法復興。	持咒先白文＼宗論一ノ一巻八頁
	観音霊感真言	十万
	七仏滅罪真言	十万
	薬師潅頂真言	十万
	往生浄土真言	十万
	大悲咒	十万
	諸部咒品	二万三千一百	為亡母追善。	為母発願回向文＼宗論一ノ一巻一〇頁
	準提咒	百五十万	為毘尼実義、修治大蔵、無辺法門。	持準提咒願文＼宗論一ノ一巻一一頁
	大悲咒	十万	為断惡業。	宗論一ノ一巻一二頁