為促進漢藏佛教與佛學交流，二〇〇一年九月起，由蒙藏委員會、本所和僧伽大學佛學院，共同設立了「漢藏佛教文化交流研究班」，培訓對象都是經過推甄，具有一定佛學素養和修行訓練的藏傳佛教僧侶，課程則以培養中文閱讀與寫作能力為主。二〇〇四年起，本班的修業時間調整為三年，特別加強對於漢傳佛學名相的認識和翻譯技巧之訓練。

「漢藏佛教文化交流研究班」成立後的這幾年來，前來本班就學的藏僧皆資質優異，他們多數來自印度、尼泊爾和不丹；有轉世的仁波切，有相當於博士學位的格西，也有寺院住持的堪布。目前在山上修學的藏僧，經常有十來位，最多時近二十人。