寺院所屬的佃戶，不同於一般的庶民，是對於國家，不盡課稅的義務，因此，也為國家的財政，帶來了很大的問題。為了防止這一弊風，雖亦常有勅令糾正，無奈由於寺院與王公百官的結托，勅令的效果也就相當輕微。

元朝帝室，優遇喇嘛教，已經到達溢出常軌的程度，例如下令：「凡民毆西僧（喇嘛）者，截其手，詈之者，斷其舌」，這是元武宗的傑作，可見他對喇嘛僧的狂信和保護，是何等之甚了。受慣了如此恩寵的喇嘛僧，極其專橫，往往侵佔良民的土地，奪取民家的妻女。在元世祖晚年時代，被任命為江南釋教總統的楊連真伽，盜掘前朝南宋的陵墓，殺了男人、奪取婦女，他所掠奪而得的財物，則有金千七百兩、銀六千八百兩、玉帶九、玉器百二十一、雜寶具百五十二、大珠五十兩、鈔十一萬六千二百錠、田二萬三千畝。另外，受他庇護，漏輸公賦者，亦達二萬三千戶。造成這樣的劣跡，也正由於結托了王公百官的緣故。在漢人的立場，對於促成喇嘛如此橫行不法的元朝政府，產生強烈的反感，可謂是理所當然的事。

在江南的漢人社會中，上面所舉的白蓮教及白雲宗之外，尚有名為頭陀宗俚俗的佛教信仰，因被視為邪教，遭受嚴禁，但卻不易根絕，他們又以祕密結社的形態出現。很多漢人，因苦於蒙古人的壓迫，加入了這種祕密結社；